饮水机造成的“二次污染”逐渐增多，即使完全合格的桶装水在饮水机上使用时，细菌依然会进入饮水机内部并在贮水箱及冷水管道内壁孳生繁殖，而大部分饮水机的贮水箱温度在30℃左右，有利于细菌的培养，大约每20分钟左右就能繁殖一代。到了夏季，随着气温升高，污染会更加严重。有关专家指出，饮水机的细菌产生与其利用空气压力原理取水有关。取水时，等量的空气进入饮水机的内部，即使是清洁的空气，每立方米约有4000个细菌。而室内空气由于缺乏流通，会携带高比例的一氧化碳、浮尘和其他污染物。这样的空气进入饮水机中，经过一段时间的积累繁殖，细菌将达到一个惊人的数目，严重地危害人体的健康，造成二次污染。据广东省环境资源利用与保护重点实验室采样检测发现，在室温条件下，饮水机里的水第一天菌落指数为0，但过了10天，再检测时其指数竟然升至8000。此外，从饮水机的构造来说，它的内部有两个水胆，一个是热水胆，一个是冷水胆，这两个水胆起到了沉淀水中杂质的作用。通常人们在一桶水喝完后，只重新换上另一桶了事，却忽视了桶装水机内胆约1000毫升的水。久而久之，内胆就成了细菌生长的温床，细菌不断地繁殖，可能引发消化、泌尿系统等50多种疾病。有些人常患肠胃病却找不出原因，其实饮水机这个“杀手”也很有嫌疑。
饮用水在热胆内经反复加热后，会形成“千滚水”。这种水含有重金属、砷化物等有害物质，久饮会危害胃肠健康。水垢成为“添加剂”：根据国家环境检测部门出具的报告，传统饮水机内胆超过3个月不清洗，就会滋生大量细菌、残渣甚至红虫，附着在热胆内壁上，成为有害健康的“添加剂”。这些物质进入人体后，会引起消化、神经、泌尿和造血系统病变。热胆制造“硝酸盐”：热胆材质多为不锈钢和铝壳，测试表明，在长时间加热下，水中含铁、铝、铵的亚硝酸盐含量会明显增加，而亚硝酸盐类是人们熟知的致癌物质。
⑴饮水机不宜设置于有光线直接照射的地方，应选择远离热源。这是因为饮水瓶中有充足的氧气，如果再加上高温的阳光照射，微生物的繁衍会加剧。
⑵正常情况下，瓶装水的使用期一般为半个月左右，最佳为一个星期，最长为一个月，而饮水机的清洗消毒一般为冬季1次/月，夏季应该1~2次/月。
⑶将桶装水倒置垂直地插入“聪明座”，打开热水龙头，待水龙头有水流出时，方可通电使用。在家中无人或者晚上休息时，务必将饮水机电源开关关掉；以免饮用水在热胆内经反复加热后，会形成“千滚水”。
⑷饮水机要经常定期清洗、消毒。具体步骤如下：断开电源，取下水桶，摘下聪明座；用纱布将凉水胆擦洗干净，从饮水机后部或底部拧开排水阀将污水放净在堵上。拧下两个水龙头，冲洗干净后在拧上；将清洁消毒片（液）用热水化开倒入凉水胆，再加入热水到凉水胆的4/5，浸泡消毒5-10分钟；将饮水机的外部擦洗干净，将聪明座清洗干净放一边待用；打开水龙头放空凉水胆，拧下排水阀将热水胆放空。加入洁净的凉水或热水到凉水胆的4/5，打开水龙头，拧下排水阀将水放净。直到排水阀流出干净无杂质的水为止；拧紧排水阀，关闭水龙头，装上聪明座，放上桶装水，开开两水龙头放出两三杯水不用，打开电源。
